Es la especie más grande de las cuatro existentes en el continente americano, pudiendo alcanzar los machos longitudes de 4 metros, y pesar 182 kg. Las hembras pueden medir hasta 3 metros y pesar 73 kg. En América del Sur la media es mayor, encontrándose machos de hasta 6 m; una vez se encontró un cráneo de 72,6 cm. que se estima que pertenecería a un cocodrilo de unos 6,6 metros.
Pueden vivir de 50 a 60 años.
Los cocodrilos, de manera general, son reptiles de gran tamaño, de cabeza ancha, aplanada y de forma triangular, con fuertes mandíbulas, que poseen dientes muy agudos que se abren con los maxilares; las aberturas de los oídos se encuentran a ambos lados de la cabeza.
Al situarse los ojos, la nariz y los oídos sobresaliendo en la parte superior de la cabeza, pueden asomarse sin ser vistos ya que el resto del cuerpo queda bajo el agua.
Sus ojos tienen una membrana que los protege permitiéndoles ver, como un tercer párpado, y tienen además unas glándulas lacrimales que les permite expulsar el exceso de sal de su cuerpo con lágrimas (lágrimas de cocodrilo).
El dorso del cuerpo del cocodrilo americano está cubierto de placas óseas y en la región abdominal y lateral tienen escamas. Tienen cuatro miembros locomotores. La cola es gruesa en la base y comprimida en el punto más distante de la cabeza, siendo el órgano más importante para la propulsión ya que mientras nada, los miembros anteriores y posteriores permanecen pegados al cuerpo.
Los ejemplares más pequeños pueden correr algo, e incluso los más grandes son capaces durante un corto tiempo de ir a cierta velocidad inesperada.
Aunque suelen arrastrarse pueden levantar su vientre del suelo.
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