El atún rojo vive principalmente en el ecosistema pelágico del Atlántico Norte y sus mares adyacentes, sobre todo en el mar Mediterráneo. Geográficamente, su población se distribuye por todo el océano Atlántico Norte, por encima del ecuador hasta Noruega y desde el Mediterráneo occidental hasta México. A diferencia de otras especies de atún, ésta es la única que vive permanentemente en las aguas templadas del Atlántico.
Existen dos poblaciones o stocks independientes de atún rojo: una población menor de la zona occidental del Atlántico que desova en el golfo de México y un stock mayor de la zona oriental del Atlántico, distribuido en el Atlántico Este, el Mediterráneo y, en el pasado, el mar Negro, con el mar Mediterráneo como zona de desove.
Además, parece que el atún rojo presenta una conducta de retorno al lugar de nacimiento y fidelidad a la zona de reproduccióntanto en el mar Mediterráneo como en el golfo de México, lo que implica que los especimenes adultos y jóvenes de ambas poblaciones se alimenten juntas, en particular frente a la costa de Norteamérica y en el Atlántico Central.
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